ארון הקודש הוא לב ליבו של בית המדרש. בארון הקודש נמצאים ספרי התורה, בהם כתובים מילה במילה דברי ה' שנמסרו למשה בסיני. כל הלימוד בישיבה מתחיל מספר התורה וחוזר אליו.